Благословение на строительство Спасского собора для жителей Каинского Барабинского острога, сооруженного в 1722 г. было дано епископом Тобольским Варлаамом в 1773г., а спустя 15 лет, в 1787г. начато его строительство.
Спасский Собор, купола которого видны из любой точки Куйбышева, был достроен в 1804г. Как и большинство церквей Святой Руси, собор строился на средства прихожан и пожертвования состоятельных благотворителей. Строительство храма затянулось на длительное время из-за периодического недостатка денежных средств, но благодаря усилиям мещанина Куишловского, крестьянина Кожевникова и псаломщика Димитрия Лашкова, других благотворителей и прихожан, Каинск обрел свой величественный каменный храм, подлинную красу города.
Новый храм стал трехпрестольным: главный престол освящен в честь Образа Спаса Нерукотворного, в приделах: в честь святителя Николая Чудотворца (освящен 29 февраля 1804 г.) и в честь Покрова Пресвятой Богородицы (освящен 30 сентября 1836 г.).
Конец 1920-х гг. ознаменовался передачей Спасского собора в недолгое ведение обновленческой церкви советского периода. Так, уже в 1938 г. из Новосибирска поступило постановление о закрытии Спасского собора, а спустя год, в 1939 г. храм был продан Куйбышевской тюрьме за 18000 руб. и разобран силами заключенных. При сносе здания погибло двое из них. По воспоминаниям старожилов из кирпича Спасского собора было сооружено здание Куйбышевского педучилища.
В настоящее время храм общими усилиями восстановлен и представляет собой точную реконструкцию того, что стоял здесь больше трехсот лет назад.
Остается добавить, что прежде, чем возрождать храм, поработали археологи, которые нашли склеп с останками и старинными иконами. Одна из них - сошествие Святого Духа на Апостолов, хорошо сохранившаяся ныне установлена возле алтаря Спасского собора.
Мозаику для фасада со святыми ликами Николая Чудотворца и Покрова Пресвятой Богородицы сделали новосибирские мастера, а художники расписали своды храма. Колокола изготовили мастера из Воронежа и их перезвон слышен всему городу.